Đoạn qua xã Sen Ngư đi xuyên khu dân cư chưa giải phóng mặt bằng nên đơn vị thi công phải ngắt đoạn. Ở những nơi đã có mặt bằng, đơn vị thi công đổ đất, rải đá dăm, nhưng khi gặp nhà dân chưa di dời lại phải dừng.
Trong quá trình triển khai, do giá đất, chi phí tái định cư và chính sách hỗ trợ phát sinh cao hơn so với thời điểm lập dự án, vốn đầu tư phải điều chỉnh. Cuối tháng 6/2025, trước khi sáp nhập tỉnh, HĐND tỉnh Quảng Bình cũ bổ sung thêm 290 tỷ đồng, nâng tổng vốn đầu tư lên gần 2.490 tỷ đồng, dự kiến hoàn thành năm 2026. Đến nay, dự án đã giải phóng mặt bằng được 74/80 km, đạt 92,4%.
Tại tỉnh Quảng Trị cũ, vốn đầu tư cũng tăng thêm 681 tỷ đồng, nâng tổng mức lên 2.741 tỷ đồng, dự kiến hoàn thành năm 2027. Hiện đã bàn giao mặt bằng được 32/48 km, đạt 66,5%.